No hay problema, estando aisladas (de los 220V, lo normal), puedes tener las fuentes que quieras uniendo sus masas, es hasta recomendable hacerlo, incluso a tierra, al chasis. Seria como la fuente de un ordenador que desde su masa común tienes 5V,12V,3,3V, -12V... Es necesario unirlas por los 'interruptores' usados, el mosfet y el transistor, que tienen conexión directa tanto al arduino como al Recoil y Rumble, debe haber un común. El peligro es cagarla y meter luego los +24V donde no deben. Imagina que dentro de un año con todo un poco olvidado, enreas, te equivocas y conectas +24V con +5V, pues el estropicio puede ser importante. Habría que meter la pata y bien, haciendo las cosas correctamente no hay por qué preocuparse, ese +24V que sólo va al recoil, bien aislado por si incluso se nos cae la pistola y se mueven cosas dentro que puedan hacer contacto, que en tu caso al ir atadas, no problemo.
Cuando no se quieren unir fuentes, se suele colocar un relé haciendo de interruptor, que su contacto está aislado de la bobina y la parte que la controla, pero mete algo de retardo (se tiene que cerrar físicamente), tiene mucha menor vida que un interruptor electrónico y ocupa sitio, todo desventajas para nuestro caso. Lo mejor seria un optoacoplador, pero igualmente ocupa sitio, bastante menos que el relé, y se necesita algo de circuitejo de control, poca cosa. Si se quieren separar, sin duda esta es la mejor opción.
https://es.wikipedia.org/wiki/OptoacopladorNo lo veo necesario, une las masas de la fuente del PC y de la de 24V dentro de la máquina, no tienes que tirar dos hilos de masa hasta las pistolas para unirlos allí, un hilo que te ahorras
si lo has echado pues lo unes tb en ella, no problemo. Para el rumble si va a 5V puedes o bien sacarlos del Arduino, que le llegan por el USB de la fuente del PC, o llevar otro hilo con los 5V desde la fuente del PC. Si el rumble tuviera mucho consumo, seria mejor echar otro hilo, pero no es el caso.
Sobre configurar yo no perderia el tiempo en otro sitio, a ver qué tal te van, en tu caso el ojo de pez lo veo impepinable después de haber hecho pruebas estos dias con la mia.
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, para Resetear, o más bien, activar el bootloader del Arduino Pro Micro (Leonardo) por software, simplemente hay que poner el puerto COM del Ardudino a 1200 baud 
. Desde una ventana CMD ' MODE COMxx: 1200 ' ). Nos podemos ahorrar el pulsador de Reset por hard para programarlo con el AvrDUDE. También otra opción por hard es poner un condensador de 10uF entre el reset y +5V, en lugar de un pulsador, de esta forma cada vez que conectamos, resetea durante un momento al conectarlo, activándo el bootloader igualmente. El bootloader está activo sólo durante unos 5 segundos en los que admite la programación con el archivo compilado en HEX desde el AvrDUDE, pasado ese tiempo si no se le envia nada, sale del bootloader y vuelve a ejecutar lo que tenga metido el arduino. En esos 5 segundos es cuando hay que comprobar el puerto COM, al que habrá que enviar el HEX con el AvrDUDE, pasados esos 5 segundos ese puerto desaparece y aparece otro, en mi caso es COMxx +/-1, tela....